Der gebürtige US-Amerikaner führt seit dem Jahr 1996 eine glückliche Ehe mit seiner zweiten Ehefrau Chelsea Field. 1995 und 1999 kamen ihren beiden Söhne Will und Owen zur Welt. Scott Bakula hat außerdem zwei weitere Kinder aus erster Ehe mit der Schauspielerin Krista Newmann (Chelsy und Cody). Auch seine Tochter Chelsy trat 1989 an der Seite ihres mehrfach ausgezeichneten Vaters in 'Zurück in die Vergangenheit’ auf.

Seine heutige Ehefrau lernte er 1993 an einem Filmset kennen. Auch Chelsea Field bewarb sich damals auf eine Rolle in einer der 'Star Trek’-TV-Serien, 'Star Trek: Raumschiff Voyager‘ – konnte diese, anders als ihr Ehemann in seiner Hauptrolle in 'Star Trek: Enterprise’, letztlich jedoch nicht ergattern.

In seiner Freizeit treibt Scott Bakula gern Sport – so lief er bereits mehrere Marathons, darunter beispielsweise der Los Angeles Stadtmarathon. Er hat deutsche, tschechische, englische und schottische Vorfahren – der Nachname Bakula ist hingegen insbesondere in Kroatien und Tschechien gebräuchlich. Gemeinsam mit seiner Ehefrau lebt der Film- und Fernsehdarsteller in der US-Metropole Los Angeles. Des Weiteren hat er eine Farm in Upstate New York, abseits des Großstadttrubels.