Er war das dritte und jüngste Kind der Bakteriologin Mary Ann Gallagher und des Werbechefs Thomas Francis Gallagher. Seine Familie hat einen irisch-katholischen Hintergrund. Zunächst wuchs Peter Gallagher in der Stadt Yonkers auf, die im Süden an New York City grenzt. Später verlegte seine Familie ihren Wohnsitz in den Vorort Armonk. Dort besuchte Peter Gallagher die ‘Byram Hill Highschool‘. Während dieser Zeit betrachtete sich Peter Gallagher nicht als Mädchenschwarm. Er trug eine Brille, fand seine Lippen zu dick und seine Augenbrauen zu buschig. Nach dem Schulabschluss absolvierte ein Wirtschaftsstudium an der ‘Tufts Universität‘ in Boston. Dort gehörte er drei Jahre lang zur ‘Boston Shakespeare Company‘.

Während der Semesterferien im Sommer arbeitete er im ‘Priscilla Beach Theatre‘ in Whitehorse Beach, Massachusetts. Zudem gründete er in seiner Studienzeit mit Freunden eine Gesangsformation namens ‘Beelzebubs‘, die mit A-Capella-Stücken auftrat. Obwohl er längst seine Liebe zu den darstellenden Künsten entdeckt hatte, wollte Peter Gallagher nicht Schauspiel studieren. Stattdessen besuchte er nach seinem Wirtschaftsstudium das ‘New England Conservatory of Music‘.

Im Jahr 1983 heiratete er die Musikvideo-Produzentin Paula Harwood. Unterdessen hatte er sich beruflich weiterentwickelt und fühlte sich am ‘Broadway‘ zu Hause. Zusammen mit seiner Ehefrau hat er zwei Kinder. 1990 wurde James und 1993 Kathryn geboren. 1985 wurde bei Peter Gallaghers Mutter Mary Ann Alzheimer diagnostiziert. Sie starb im Jahr 2004.