Zu Unizeiten bewohnte sie ein Zimmer mit ihrem US-amerikanischen Schauspielkollegen Kevin Weisman (hauptsächlich bekannt durch die TV-Serie ‘Alias – Die Agentin‘), der ebenfalls an der University of California in Los Angeles studierte. Die beiden ehemaligen Zimmerkameraden trafen bei den Dreharbeiten zu ‘Alias‘ viele Jahre nach ihrem Universitätsabschluss erneut aufeinander und arbeiteten Seite an Seite. Ihr schauspielerisches Können stellte Merrin Dungey bereits an der Universität unter Beweis, als sie – als damals jüngste Empfängerin – den ‚UCLA Acting Award‘ gewann.

Ihre große Liebe hat die gebürtige Kalifornierin vor einigen Jahren gefunden und geheiratet: Im Mai 2007 fand die Hochzeit mit ihrem Ehemann Matthew Drake statt, welche im Mariachi Musik- und Festtagsstil in der mexikanischen Stadt Cancun abgehalten wurde. Die beiden gemeinsamen Kinder des Paars kamen in den Jahren 2008 und 2011 zur Welt und machten das Familienglück perfekt. Der Öffentlichkeit sind nur wenige private Details über Merrin Dungey bekannt, da sie ihre persönlichen Angelegenheiten weitestgehend geheim hält. Sie konzentriert sich hingegen auf ihre anstehenden Film- und Fernsehprojekte und sorgt neben dem stressigen Job für ihre beiden Töchter.