Er wurde am 17. November 1966 in Anaheim in Kalifornien als Sohn von Tim Buckley und Mary Guibert geboren. Da sein Vater, ein erfolgreicher Folksänger, die Familie bereits vor Jeffs Geburt verlassen hatte, sah dieser ihn nur selten. Seine Kindheit verbrachte Buckley als ‘Scottie Moorhead‘ bei seiner Mutter und seinem Stiefvater Ron Moorhead in Orange County.

Auf einer alten Gitarre, die er in einem Schrank gefunden hatte, brachte er sich im Alter von fünf Jahren das Gitarrespielen selbst bei. Die musikalischen Idole seiner Jugend ‘Kiss‘, ‘Led Zeppelin‘, ‘Queen‘, Jimi Hendrix und ‘The Who‘ wurden ihm von seinem Stiefvater nähergebracht. Das erste Album, das der junge Jeff Buckley besaß, war ‘Physical Graffiti‘ von ‘Led Zeppelin‘.

Im Alter von zwölf Jahren beschloss Jeff, Musiker zu werden. Mit 13 bekam er seine erste elektrische Gitarre, eine schwarze ‘Les Paul‘. Er spielte in der Schulband und entwickelte während dieser Zeit eine Vorliebe für Rock-Bands wie ‘Rush‘, ‘Genesis‘ und ‘Yes‘ sowie für den Fusion- und Jazzgitarristen Al di Meola.