Sein Vater ist der Politiker Roger Faustino, seine Mutter Kay – geborene Freeman – ist Hausfrau. Im Jahr 2004 heiratete Faustino seine Schauspielkollegin Andrea Elmer. Das Paar betrieb gemeinsam eine Diskothek in Los Angeles namens ‘Balisty Club’, trennte sich jedoch im Mai 2006. 2007 erfolgte die Scheidung, laut eigener Aussage aufgrund unüberbrückbarer Differenzen.

Etwa zur gleichen Zeit geriet David Faustino in die Negativschlagzeilen, weil er wegen Trunkenheit am Steuer unter Arrest gestellt wurde. Er hatte starke Ausfallerscheinungen, was vermutlich auf die Drogen zurückzuführen war, die die Polizisten bei der Untersuchung seines Wagens fanden. Er wurde daraufhin angezeigt und musste eine Geldstrafe zahlen. Seine Karriere als Schauspieler verfolgte er dennoch weiter.