Die Entscheidung wurde sowohl von Oppositionspolitikern als auch von verschiedenen Wirtschaftsvertretern entsprechend begrüßt. Bereits im dritten Jahr seiner Amtszeit wurde Weber mit dem globalen Problem der Banken- und Finanzkrise konfrontiert, welche im Zuge der US-amerikanischen Subprime-Krise ihren Lauf genommen hatte und in den Medien bereits mit dem fatalen Wirtschaftskollaps von 1931 verglichen wurde. Weber versuchte, die Wogen zu glätten und erklärte gegenüber der Presse, dass die Befürchtung einer Bankenkrise in Deutschland unbegründet sei. Mit derartigen Aussagen geriet der Wirtschaftswissenschaftler später stark in die Kritik und erklärte schließlich im Februar 2011 seinen baldigen Rücktritt – ein Jahr vor dem Ablauf seiner regulären Amtszeit. Der Ökonom sagte später in einem Interview mit der Wochenzeitung ‚Die ZEIT‘, dass sein Rücktritt durch die aus seiner Sicht unzureichende Geldpolitik Europas notwendig geworden sei. Laut eigenen Angaben habe er im Rahmen dessen gleichzeitig Beschlüsse vertreten müssen, die er für falsch gehalten habe.

Kurzzeitig galt Weber daraufhin als Angela Merkels präferierter Kandidat für das Amt des EZB-Präsidenten. Dieses wurde jedoch im November 2011 von Mario Draghi, dem ehemaligen Vizepräsidenten von Goldman Sachs, übernommen wurde. Weber daraufhin in die USA und forschte und lehrte hier an der ‚Booth School of Business‘ der ‚University of Chicago‘ als Gastprofessor. Nach einem Jahr kehrte er nach Europa zurück. Im Mai 2012 erlebte Axel Webers Karriere eine Renaissance: Er wurde zum Präsidenten des Verwaltungsrates der Schweizer Bank ‚UBS‘ ernannt und übernahm damit die Nachfolge von Kaspar Villiger. Sein Amtsantritt wurde mit vier Millionen Franken vergütet, da der Ökonom auf die in der Schweiz reguläre Zahlung für die Altersvorsorge verzichtet hatte. Im November 2013 wurde Axel Weber außerdem Mitglied des Vorstandes der neugegründeten Lobbyorganisation von ‚UBS‘ und ‚Credit Suisse‘ ‚Swiss Finance Council‘ (SFC), welche unter anderem über eine Niederlassung in Brüssel verfügt. Axel Weber ist zudem Mitglied der ‚Group of Thirty, einem privaten und internationalen Gremium, das sich aus Führungskräften aus dem Finanzwesen und der Wissenschaft zusammensetzt. Die ‚Group of Thirty‘ betrachtet es als ihre Aufgabe, internationale wirtschaftliche und finanzielle Fragen zu diskutieren und aktuelle politische, finanzielle und ökonomische Entwicklungen und Prozesse zu erörtern.